O surgimento do presbiterianismo no Brasil resultou do pioneirismo e desprendimento do Rev. Ashbel Green Simonton (1833-1867). Nascido em West Hanover, na Pensilvânia, Simonton estudou no Colégio de Nova Jersey e inicialmente pensou em ser professor ou advogado. Alcançado por um reavivamento em 1855, fez a sua profissão de fé e pouco depois ingressou no Seminário de Princeton. Um sermão pregado por seu professor, o famoso teólogo Charles Hodge, levou-o a considerar o trabalho missionário no estrangeiro. Três anos depois, candidatou-se perante a Junta de Missões da Igreja Presbiteriana dos Estados Unidos, citando o Brasil como campo de sua preferência. Dois meses após a sua ordenação, embarcou para o Brasil, chegando ao Rio de Janeiro em 12 de agosto de 1859, aos 26 anos de idade.Em abril de 1860, Simonton dirigiu o seu primeiro culto em português. Em janeiro de 1862, recebeu os primeiros conversos, sendo fundada a Igreja Presbiteriana do Rio de Janeiro. No breve período em que viveu no Brasil, Simonton, auxiliado por alguns colegas, fundou o primeiro periódico evangélico do país (Imprensa Evangélica, 1864), criou o Presbitério do Rio de Janeiro (1865) e organizou um seminário (1867). O Rev. Ashbel Simonton morreu vitimado pela febre amarela aos 34 anos, em 1867 (sua esposa, Helen Murdoch, havia falecido três anos antes).
Os principais colaboradores de Simonton nesse período foram seu cunhado Alexander L. Blackford, que em 1865 organizou as Igrejas de São Paulo e Brotas; Francis J. C. Schneider, que trabalhou entre os imigrantes alemães em Rio Claro, lecionou no seminário do Rio e foi missionário na Bahia; e George W. Chamberlain, grande evangelista e operoso pastor da Igreja de São Paulo. Os quatro únicos estudantes do "seminário primitivo" foram eficientes pastores: Antonio Bandeira Trajano, Miguel Gonçalves Torres, Modesto Perestrelo Barros de Carvalhosa e Antonio Pedro de Cerqueira Leite.
Outras poucas igrejas organizadas no primeiro decênio foram as de Lorena, Borda da Mata (Pouso Alegre) e Sorocaba. O homem que mais contribuiu para a criação dessas e outras igrejas foi o notável Rev. José Manoel da Conceição (1822-1873), um ex-sacerdote que tornou-se o primeiro brasileiro a ser ordenado ministro do evangelho (1865). Conceição visitou incansavelmente dezenas de vilas e cidades no interior de São Paulo, Vale do Paraíba e sul de Minas, pregando o evangelho da graça.